Alfonso saboreó su posición de autoridad. Continuó el sistema de alternar gobiernos conservadores y liberales (basado en elecciones continuas), aunque intervino cada vez más en política para rotar gobiernos. El resultado fue la inestabilidad política: 33 gobiernos se formaron en España entre 1902 y 1923, y el sistema parlamentario se desacreditó constantemente. La popularidad de Alfonso también se resintió y al notorio atentado contra su vida y la de su esposa, Victoria Eugenia de Battenberg, el día de su boda (31 de mayo de 1906) le siguieron una trama constante de conspiraciones para asesinarlo. Sin embargo, su gran coraje personal frente a estos ataques le granjearon gran admiración.

La posición de Alfonso empeoró después del fracaso del gobierno de Antonio Maura (1909); la última esperanza para el régimen parlamentario parecía extinguirse. Aunque su conducta durante la Primera Guerra Mundial fue irreprochable (observó una neutralidad escrupulosa y prestó un gran servicio a causas humanitarias), en la posguerra comenzó a avanzar hacia un sistema de gobierno más personal, incluso buscando un medio para deshacerse de la legislatura. Intervino directamente en la guerra marroquí en 1921, con un efecto tan desastroso que una comisión de investigación posterior le echó la culpa directamente a él por la derrota en Annual (Anwal). Sin embargo, una semana antes de la publicación del informe, Alfonso fue rescatado de una situación humillante por un golpe de estado (13 de septiembre de 1923) dirigido por el general Miguel Primo de Rivera.

No obstante, al asociarse directamente con el derrocamiento del régimen parlamentario y vincular su fortuna con la dictadura de Primo de Rivera, Alfonso puso en peligro la existencia de la monarquía española. Cuando Primo de Rivera cayó del poder en enero de 1930, un gobierno temporal bajo el mando del general Dámaso Berenguer fue llamado a salvar al rey. Alfonso intentó varios métodos para lograr el retorno a un régimen constitucional sin el riesgo de celebrar elecciones. Finalmente, acordó celebrar elecciones municipales (abril de 1931), que, al menos en las ciudades importantes, resultó ser su fracaso a manos de los partidos republicano y socialista: los vencedores exigieron la abdicación del rey. Cuando el ejército retiró su apoyo a Alfonso, se vio obligado a abandonar España (14 de abril de 1931), aunque se negó a abdicar del trono. Alfonso nunca regresó a España. El general Francisco Franco lo reincorporó como ciudadano español y restauró su propiedad (confiscada en 1932), pero finalmente abdicó sus derechos a su tercer hijo, Don Juan.

La figura viste el uniforme de diario con capote de Coronel del Escuadrón Real en unas maniobras celebradas en El Pardo (Madrid) en 1918.